光緒二十四年(1898年),4月,入南京水師學(xué)堂,改名周樹人。12月,被本家叔催促參加縣考,中榜后以四弟患病為由不再參加府考,繼續(xù)前往南京求學(xué)。光緒二十五年(1899年)轉(zhuǎn)入江南陸師學(xué)堂附設(shè)礦務(wù)鐵路學(xué)堂,學(xué)開礦。這期間接觸了赫胥黎的《天演論》,對他以后的思想具有一定影響。除讀新書外,愛騎馬運動,敢于和旗人子弟騎馬競賽。
光緒二十八年(1902年)1月,礦路學(xué)堂畢業(yè)。3月,公費赴日本留學(xué)。4月,入弘文學(xué)院普通科江南班(為日語學(xué)習(xí)速成班)。
光緒二十九年(1903年)剪辮。課余喜讀哲學(xué)與文藝之書,尤注意人性及國民性問題。
光緒三十年(1904年),4月,于弘文學(xué)院結(jié)業(yè)。6月,祖父介孚公卒,年六十八。9月,入仙臺醫(yī)學(xué)專門學(xué)校肄業(yè)。
光緒三十二年(1906年),1月,課間觀“日俄戰(zhàn)爭教育片”,深受刺激,決定棄醫(yī)從文。6月,將學(xué)籍列入“東京獨逸語協(xié)會”所設(shè)的德語學(xué)校。夏秋間,被騙回國與朱安結(jié)婚。旋即復(fù)赴日本,7月,從仙臺回到東京,不再入學(xué)讀書,專門從事文藝譯著工作,此后幾年通過不同方式學(xué)習(xí)了德語,俄語。
光緒三十四年(1908年),從章太炎先生學(xué)習(xí),為“光復(fù)會”會員,并與二弟作人譯《域外小說集》,期間生活艱難,以校對書稿補(bǔ)貼生活。
宣統(tǒng)元年(1909年),《域外小說集》二冊出版。